Después de muchas consultas al respecto y con la intención de aclarar este caso concreto, pasamos a comentar el funcionamiento administrativo de las adquisiciones intracomunitarias cuando no estamos dados de alta en el ROI.

El IVA es un tributo indirecto que grava el consumo en el territorio de aplicación del impuesto, siendo por tanto la Hacienda Pública donde se consume el producto la que recibe el ingreso por dicho impuesto. En el caso de las operaciones intracomunitarias las facturas se deben emitir con IVA, salvo que el cliente y el proveedor estén dados de alta como operadores intracomunitarios.
A no ser que las operaciones que realicemos sean de pequeño importe y muy esporádicas, es aconsejable darse de alta como operador intracomunitario.

Caso de operaciones intracomunitarias con operadores no incluidos en el ROI
En el caso de que el emisor de la factura o el receptor no estén incluidos en el ROI (Registro de Operadores Intracomunitarios), la factura debe emitirse con IVA y no podremos deducir dicho IVA, aunque si podremos solicitar la devolución en la Hacienda del país emisor de la factura.
La Directiva 2006/112/CE determina las operaciones que pueden quedar exentas del pago del IVA en los Estados miembros. Cada país miembro reembolsará la cuota del IVA que hayan soportado en los bienes y servicios adquiridos a los sujetos pasivos no establecidos en él, a condición de que tales bienes y servicios se utilicen a efectos de las operaciones enumeradas en la Directiva 2006/112/CE.

La inscripción en el Registro de Operadores Intracomunitarios (ROI)
Un trámite mucho más sencillo es inscribirse en el ROI, en cuyo caso la empresa emisora de la factura una vez comprobado que el receptor de la factura esta dado de alta como operador intracomunitario podrá emitir la factura sin IVA, evitándose así la tramitación de la solicitud de devolución.
Para las personas o entidades que realicen operaciones intracomunitarias, el Número de Identificación Fiscal a efectos del IVA (NIF-IVA) se asignará cuando se solicite la inclusión en el Registro de Operadores Intracomunitarios (ROI) a través del modelo 036.

Asiento contable
Según las últimas disposiciones legales, los impuestos no deducibles de facturas de adquisiciones y gastos sólo incrementan el valor del gasto. Por lo que nos encontramos con un asiento simple donde todo el importe de la factura va a la misma cuenta de gastos. Estas facturas no deben figurar en el libro de IVA Soportado.

Cuando nosotros emitimos la factura
Para efectuar una venta intracomunitaria sin aplicar el IVA deberemos asegurarnos de que la empresa o el profesional a quien realizamos la venta en otro Estado miembro está dado de alta como Operador Intracomunitario en el ROI. Además de que es obligatorio que el número identificador de IVA figure en la factura, se deberá verificar la validez de un NIF-IVA de un operador de cualquier Estado miembro de la Unión Europea. Este control puede realizarse en el portal de la Unión Europea (www.europa.eu) o a través de la página de nuestra Agencia Tributaria. En el caso contrario, la factura deberá emitirse siempre con IVA.